一忌沼肥出池後立即施用。沼肥的還原性較強，如將出池後的沼肥立即施用，它會與作物爭奪土壤中的氧氣，影響種子發芽和根系發育，導致作物葉片發黃、雕萎。因此，沼肥出池後，一般先在儲糞池中堆漚5～7天再施用。如果在堆漚前，按10：1的比例混入一成的磷肥，效果更佳。 
二忌不兌水直接追施。不兌水直接施在作物上，尤其是用來追施幼苗，會使作物出現灼傷現象。沼肥作追肥時，要先兌水，一般兌水量為沼液的一半。 

三忌表土撒施。施於旱地作物宜采用穴施、溝施，然後蓋土；施用於水田應在耖坯前均勻撒施田面，然後犁翻入底層。 

四忌過量施用。施用沼肥的量不能太多，一般要比施用普通豬糞肥少。若盲目大量施用沼肥，會導致作物徒長，行間蔭蔽，造成減產。 

五忌與草木灰、石灰等堿性肥料混施。草木灰、石灰等堿性較強，與沼肥混合，會造成氮肥的損失，降低肥效。

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