歐洲的沼氣工程技術較為先進，尤其是德國的沼氣工程機械化程度很高。歐盟國家十分重視沼肥的安全利用和生態衛生研究，如德國對沼肥的安全利用有嚴格的管理規定，沼氣發酵處理後的殘余物——沼肥必須在 70 ℃下處理1h才可作為肥料使用，為了環境衛生和肥效的充分利用，制度規定秋季以後不得將沼肥施於農田，必須貯存 6個月後才能使用。

與這些國家相比，我國的沼肥安全利用目前尚處於起步階段，沼肥利用的研究仍以提高農作物產量為主，對沼肥的安全利用還沒有法規性的文件和管理制度。

我國沼氣工程沼液中物質超標主要有抗生素、重金屬這2類物質。規模化養殖畜禽糞便中的抗生素、重金屬超標是沼液中超標的主要因素; 稭稈原料中重金屬超標主要與農作物生長過程中農藥使用、土壤遷移及添加畜禽糞便等因素有關。

隨著集約化、規模化養殖業的迅速發展，一些重金屬元素如Cu、Zn、As等被廣泛應用於飼料添加劑。在畜禽糞便中，Cu和Zn的直接排泄量占總量的95%以上，只有微量排放到尿中。豬糞中Cu、Zn、Mn、Ni的平均含量均較高，其中Cu、Zn最為明顯，雞糞中Cr的平均含量較高，而牛糞中各重金屬含量低於其他糞便。

由於沼氣工程產氣率受發酵溫度的影響，我國大多數沼氣工程產氣不穩定。在夏季高溫季節，由於產氣率的提高，許多沼氣工程在正常的沼氣利用情況下，往往會造成大量沼氣剩余，沼氣工程企業沒有辦法利用多余的沼氣，出於保護沼氣工程安全的需要，部分沼氣工程就會出現偷偷進行CH4排空的違規行為。

再者缺乏有效的監管措施，難以及時判斷、發現沼氣工程出現“沼氣排空”的違規行為，更難以對這種違規行為進行處罰；最後是當沼氣工程發酵裝置出現故障無法正常進行，由於配套維護設施不完備，造成 CH4直接排放到空氣中。

沼液還田利用具有處理量大、成本低以及對氮、磷去除效果好等優點，是目前我國普遍認為最易實施、有效的沼液處理方式。目前，我國沼液安全利用的研究往往以提高產量為主，對沼液的安全使用缺乏法規性的文件或管理制度，對管理、施用數量、施用性質還很模糊。